La description:
Chercheur(se) en épidémiologie et modélisation mathématique des maladies infectieuses Vous serez accueilli(e) au sein de l'unité mixte de recherche INRAE-VetAgro Sup EPIA (Épidémiologie des maladies animales et zoonotiques) et travaillerez sous la supervision de Sophie Carles et Guillaume Fournié. Vous serez basé(e) sur le campus de VetAgro Sup, à Marcy l'Etoile, près de Lyon. Vous serez plus particulièrement en charge de : - Mettre en place un flux hebdomadaire, voire quotidien, de données issues de la base de données nationale d'identification des bovins en France. - Utiliser ces données pour développer un outil d'appui aux investigations de foyers permettant la reconstruction de chaines de transmission probables et de l'identification des élevages à risque en temps réel ; l'outil prendra notamment en compte la structure des réseaux de mouvements de bovins, des indicateurs de mortalité et intégrera un modèle mécaniste de transmission des maladies infectieuses entre élevages. - Évaluer l'efficacité de plusieurs méthodes de reconstruction des chaines de transmission et de classification des élevages à risque, les appliquer à la tuberculose bovine à travers l'analyse rétrospective, et éventuellement prospective, de données épidémiologiques. - Mise à disposition de cet outil via une interface opérationnelle et facilement mobilisable par les utilisateurs finaux. Connaissances souhaitées : Connaissances en analyse des réseaux et en modélisation mathématique des maladies infectieuses, notamment des modèles individu-centrés. Maîtrise de R, SQL et d'un langage de programmation informatique tel que C/C++ ou Python. Maîtrise de l'anglais à l'écrit et à l'oral. Expérience appréciée : Une expérience pertinente en modélisation des dynamiques d'infection sur les réseaux serait un atout. Aptitudes recherchées : Capacité à soumettre des publications dans des revues scientifiques, à présenter les résultats de recherche lors de conférences internationales ainsi qu'à des audiences de non-spécialistes, à superviser des étudiants, et à travailler au sein d'une équipe multidisciplinaire.